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Brève introduction aux Neurosciences Computationnelles by clement.poiret

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· @clement.poiret ·
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Brève introduction aux Neurosciences Computationnelles
![Illustration](https://i.imgur.com/KCy4OKg.jpg)

Le cerveau humain intrigue depuis longtemps bien des esprits. *Hippocrate* –
père de la médecine occidentale – voyait déjà le cerveau comme **responsable de
nos sensations** et **siège de notre intelligence**[1].

Aujourd’hui, notre vision des choses a bien changé. Vulgairement, le cerveau
peut être décrit comme un **réseau de neurones** ou un **réseau de clusters de
neurones** qu’il serait possible de représenter par la [théorie des
graphes](https://www.wikiwand.com/fr/Théorie_des_graphes).

![Graph Theory](https://i.imgur.com/GyOTANA.png)

> *Fig1. Illustration de la théorie des graphes.*

Ici, chaque neurone est représenté par un *nœud* (*node* ou *vertex*). Chaque
*vertex* est relié avec un autre par ce que l’on appelle un *edge*,
**matérialisant alors axones et dendrites**.

Chaque *cluster* (les groupes distinguables sur le graphe) pourrait alors
représenter un *module* impliqué dans la **réalisation d’une ou plusieurs
tâches** comme la vision, l’olfaction ou autre.

**Ce réseau est flexible et variable par le principe de plasticité cérébral** :
des *vertex* peuvent disparaître ou apparaître au même titre que pour les
*edges*.

Notre vision des choses à bien changé depuis l’antiquité, mais plusieurs
millénaires n’ont pas suffi. *Beaucoup de mystères restent à élucider*.

__________

# Cerveaux et modélisations

Pour décrire le cerveau dans l’introduction, j’ai utilisé un modèle.

C’est en partie le but des neurosciences computationnelles : **créer des modèles
capables de réaliser des « tâches cognitives »**[2]. Modèles appelés
*brain-computational models (BCM)*.

*Allen Newel*[3] fut l’instigateur de cette discipline en remettant en question
la capacité à comprendre le cerveau en ne répondant qu’à une hypothèse à la
fois. Selon Newell, il fallait **complémenter ces hypothèses par des modèles de
sorte à pouvoir comprendre les interactions entre les différents composants**.

>   “What I cannot create, I do not understand.” – **Richard Feynman.**

*Était-ce dès lors les prémices de l’Intelligence Artificielle ?*

## Un organe, plusieurs modèles

À l’heure actuelle, la quasi-totalité des aires cérébrales sont répertoriées et
décrites, notamment à l’aide de la *Brain Analysis Library of Spacial maps and
Atlases (BALSA)*[4] **bien que le traitement de l’information reste une relative
boîte noire**.

Le challenge de la neuroscience computationnelle est alors **de créer des
algorithmes** de traitement de signal consistants **avec la structure et les
fonctions cérébrales**, c’est-à-dire **décomposer des processus cognitifs
complexes et les matérialiser en modules de computation**[2].

[Le modèle bayésien en est un bon exemple, modélisant la manière dont le cerveau représente le monde physique et social.](https://www.wikiwand.com/en/Bayesian_approaches_to_brain_function)

Selon *N. Kriegeskorte et P. K. Douglas* (2018), les **sciences cognitives ont
besoin des neurosciences computationnelles** pour **mettre au point des
algorithmes et des modèles expliquant et prédisant les dynamiques cognitives et
comportementales**, *les données comportementales à elles seules ne permettant
pas la définition de cadres pour les modèles complexes*.

Si des modèles computationnels peuvent **expliquer la cognition humaine et
animale**, **le Machine Learning et l’Intelligence Artificielle** sont des
disciplines clés pour procurer un cadre théorique et technologique nécessaire
aux neurosciences computationnelles[2].

**La neuroscience computationnelle** quant à elle se voit **stimulée par les
sciences cognitives**, poussant à **des niveaux de cognition de plus en plus
élevés en utilisant le Machine Learning (ML) et l’Intelligence Artificielle
(IA)** comme bases théoriques et technologiques.

Les progrès dans les deux disciplines provoquent parallèlement par la nature de
leurs travaux, **une amélioration des technologies liées au ML et à l’IA**,
permettant par exemple la *reconnaissance faciale ou reconnaissance des objets
par implémentation de réseaux de neurones*.

**Ces trois champs sont donc intrinsèquement liés** (Fig2.).

![Fig2](https://i.imgur.com/NknYaVw.jpg)

> *Fig2. Rôles des modèles computationnels. Adaptation de N. Kriegeskorte et P. K.
Douglas (2018).*

## La création de modèles au service de tous

**Créer un modèle cérébral nécessite d’établir des liens solides entre la
théorie et les expérimentations**. Il serait naturel de se dire qu’un modèle,
bien que fonctionnel, pourrait ne pas représenter la réalité, mais une manière
alternative parmi tant d’autres pour atteindre un but similaire.

Il est cependant possible à partir des approches computationnelles de **réaliser
des prédictions**. D’un point de vue probabiliste, si le modèle prédit
correctement les comportements et réactions d’un cerveau animal ou humain, **il
se pourrait qu’il soit plus proche de la réalité que d’autres modèles moins
performants**.

Il s’agit là d’une approche *Top-Down* : **le modèle** (*Top*) permet de
**prédire les comportements vérifiables par des données expérimentales**
(*Down*) en **capturant les processus cognitifs par algorithmes, relayant la
biologie au second plan**.

On parle aussi d’approches *Bottom-Up* **quand les données** (*Bottom*)
**servent à établir un modèle** (*Up*) en **capturant les caractéristiques
biologiques de réseaux, relayant les fonctions cognitives au second plan**[2].

Par exemple, des données *Imagerie par Résonnance Magnétique fonctionnelle*
(*IRMf*) sont traitées par une matrice de corrélations pour **établir des
réseaux par la théorie des graphes**. **Des cartes sont alors créées mettant au
jour des graphes multipolaires** : *différentes zones cérébrales interconnectées
pour traiter un signal quelconque*.

[Un cas concret pourrait être le réseau du mode par défaut dont je vous parlais
il y a quelques mois.](https://steemit.com/science/@clement.poiret/referentiel-egocentre-le-reseau-du-mode-par-defaut)

# Conclusion

**La neuroscience computationnelle** a pour vocation **d’établir des modèles,
des algorithmes** utilisés à la fois dans le domaine des **sciences
informatiques** (*Machine Learning, IA*, etc.), mais aussi dans les **sciences
cognitives** en réalisant **des liens entre les données
expérimentales/comportementales et les réseaux de neurones/clusters
sous-jacents**.

Cependant, **les modèles Top-Down sont difficiles à mettre en relation avec les
processus biologiques,** là où **les modèles Bottom-Up expliquent difficilement
le traitement de l’information.**

Il est donc nécessaire d’utiliser plusieurs modèles pour appréhender cet organe
et son fonctionnement, notamment en combinant les approches Top-Down et
Bottom-Up.

![Fig3.](<https://i.imgur.com/MyRTcdP.jpg>)

> *Fig3. Représentation schématique des modélisations Bottom-Up et Top-Down, N.
Kriegeskorte et P. K. Douglas (2018).*

Encore de belles années de recherche devant nous !

Références
==========

    [1] *Demystifying the brain*. New York, NY: Springer Berlin Heidelberg, 2018.

    [2] N. Kriegeskorte and P. K. Douglas, “Cognitive computational neuroscience,”
    *Nat. Neurosci.*, vol. 21, no. 9, pp. 1148–1160, Sep. 2018.

    [3] A. Newell, “You can’t play 20 questions with nature and win: Projective
    comments on the papers of the Symposium,” in *Visual Information Processing*,
    Elsevier, 1973, pp. 283–308.

    [4] D. C. Van Essen *et al.*, “The Brain Analysis Library of Spatial maps and
    Atlases (BALSA) database,” *NeuroImage*, vol. 144, pp. 270–274, Jan. 2017.

    [5] Scott E. Page, *"The Model Thinker"*, 2018.

Table des illustrations
=======================

    -   Illustration. Clement Poiret, CC BY-SA 4.0,

    -   Fig1. Goel (Wikipedia), CC BY-SA 4.0,

    -   Fig2. Clément Poiret, CC BY-SA 4.0,

    -   Fig3. N. Kriegeskorte et P. K. Douglas, CC BY-SA.

Pour aller plus loin
====================

-   <https://medium.com/basecs/a-gentle-introduction-to-graph-theory-77969829ead8>

-   N. Kriegeskorte and P. K. Douglas, “Cognitive computational neuroscience,”
    *Nat. Neurosci.*, vol. 21, no. 9, pp. 1148–1160, Sep. 2018.

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@lamouthe ·
Un sujet très intéressant, mais vachement complexe! Dis-moi, j'ai l'impression qu'il s'agit de ton domaine de prédilection, est-ce que je me trompe ?
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@clement.poiret ·
C'est vrai, mais j'espère pouvoir faire des postes un peu plus en mode "cas pratiques", ça rendra le sujet beaucoup plus simple !
Effectivement, j'aimerai bien me diriger vers une thèse dans ce domaine, ou dans les biotechnologies, on verra en fonction des opportunités du moment ! :) 
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@lamouthe ·
Je lirai tes articles avec beaucoup d'attention. Le sujet me semble passionnant, mais j'avoue que là, j'ai un peu de mal à m'y retrouver... J'ai l'impression de ne comprendre que la "surface" d'un sujet très profond et complexe!

Bonne chance à toi alors pour des projets d'avenir alors!
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@lefactuoscope ·
Un approche simplifiée sur un sujet très complexe mais à priori très intéressant. Article upvoté !
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@clement.poiret ·
Effectivement, c'est vraiment intéressant, j'essaierai de rentrer un peu plus dans les détails avec des exemples concrets en python, sur matlab ou bioconductor :) merci à toi !
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**Félicitations @clement.poiret** pour votre beau travail! 

Ce post a attiré l'attention de @ajanphoto et a été upvoté à 100% par @steemalsace et son trail de curation comportant actuellement **28** upvotes .
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@clement.poiret ·
Merci beaucoup ! :)
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